El líder de ERC y exvicepresidente del Govern fue condenado a 13 años de prisión e inhabilitación absoluta por un delito de sedición en concurso medial con un delito de malversación de fondos públicos. Ya indultado, han trascendido dos de las razones que argumenta el Gobierno para la medida de gracia: que ahora rechaza la vía unilateral para la independencia y que tiene un «peso indiscutible» en las relaciones entre «España y Cataluña». Según la sentencia, tuvo un «destacado papel en el proceso que condujo a la inobservancia de las leyes y al contumaz desprecio a las resoluciones del Tribunal Constitucional y del Tribunal Superior de Cataluña». Se le vinculó con los actos multitudinarios que tuvieron lugar el 20 de septiembre de 2017 ante la Conselleria de Economía.

Junqueras presentó en la Generalitat «la pregunta que se iba a formular en el referéndum de autodeterminación, estableciendo para su celebración la fecha del 1 de octubre». También «autorizó a los diferentes departamentos para que realizaran las acciones y contrataciones necesarias». Aunque conocía que las fuerzas del Estado tenían la orden de desactivar el plesbicito, «animó» a la presencia masiva de ciudadanos en las urnas.